〇ファイル島
・ダンジョン1(1~2F)
出現デジモン
1F ボタモン、コロモン
2F ボタモン、プニモン、コロモン、ツノモン

・ダンジョン2(1~3F)
出現デジモン
1F ポヨモン、トコモン、ベタモン、エレキモン
2F ポヨモン、トコモン、ティラノモン、ヌメモン
3F ポヨモン、トコモン、ユキダルモン(ア)、ベジーモン(ア)、シェルモン(カ)

・ダンジョン3(1~3F)
出現デジモン
1F ユラモン、タネモン、クネモン、ユニモン、ケンタルモン
2F ユラモン、タネモン、オーガモン、シェルモン、ドリモゲモン
3F ユラモン、タネモン、コカトリモン、レオモン、ナニモン

・ダンジョン4(1~4F)
出現デジモン
1F ユラモン、トコモン、タネモン、ドリモゲモン、モジャモン(カ)
2F ユラモン、ズルモン、タネモン、コカトリモン、レオモン、ナニモン、モジャモン(カ)
3F ズルモン、パグモン、ガジモン、ギザモン、ダークティラノモン、サイクロモン
4F ズルモン、パグモン、ガジモン、ギザモン、タスクモン、フライモン、デルタモン、レアモン
BOSS:デビモン、デビドラモン、ガジモン

〇サーバー大陸
・ダンジョン1(1~3F)
出現デジモン
1F バブモン、モチモン、ゴツモン(カ)、オタマモン、トータモン(ア)、モノクロモン
2F バブモン、モチモン、モノクロモン、スターモン、クワガーモン、ウィザーモン(カ)
3F バブモン、モチモン、ゴツモン(カ)、オタマモン、トータモン(ア)、モノクロモン(カ)、スターモン、
クワガーモン

・ダンジョン2(1~3F)
出現デジモン
1F ピチモン、モチモン(ア)、プカモン、ゴツモン(カ)、オタマモン、ガニモン、シャコモン
2F ピチモン、プカモン、ガニモン、シャコモン、ルカモン、シードラモン(ア)、シーラモン(カ)、ゲソモン
3F BOSS:エテモン、ガニモン、ルカモン(ア)、オクタモン(カ)

・ダンジョン3(1~4F)(左)
出現デジモン
1F ピチモン、モチモン、プカモン、オタマモン、ガニモン、シャコモン
2F ピチモン、プカモン、ガニモン、シャコモン、ルカモン(ア)、オクタモン(カ)
3F モクモン、プチメラモン、バクモン、キャンドモン、ハヌモン、メラモン
4F モクモン、プチメラモン、バクモン、キャンドモン、ウィザーモン、バケモン

・ダンジョン4(1~4F)(右)
出現デジモン
1F ピチモン、プカモン、ガニモン、シャコモン、ルカモン、シーラモン(カ)、ゲソモン、オクタモン(カ)
2F ニョキモン、バクモン、キャンドモン、ハヌモン、メラモン、ウィザーモン、バケモン
3F ニョキモン、ピョコモン、フローラモン、マッシュモン(ア)、キャンドモン(カ)、ハヌモン(カ)
4F ニョキモン、ピョコモン、フローラモン、マッシュモン(ア)、ハヌモン(カ)、ウィザーモン(カ)、
キウイモン(ア)

・ダンジョン5(1~5F)
出現デジモン
1F ピチモン、プカモン、ガニモン、シャコモン、ルカモン、シードラモン(ア)、ゲソモン、オクタモン(カ)
2F ニョキモン、ピョコモン、バクモン、キャンドモン、ハヌモン、メラモン、ウィザーモン、バケモン
3F チョロモン、バクモン(カ)、キャンドモン(カ)、フローラモン、トイアグモン(ア)、マッシュモン(ア)、メラモン(ア)、キウイモン(ア)、ウッドモン(カ)、レッドベジーモン(カ)
4F チョロモン、カプリモン、トイアグモン、コクワモン、ハグルモン、リボルモン
5F チョロモン、カプリモン、トイアグモン、ハグルモン、タンクモン、クロックモン、ガードロモン、メカノリモン
BOSS:ヴァンデモン、クロックモン、コクワモン

・ダンジョン6(1~5F)
出現デジモン
1F バブモン、モチモン、ゴツモン(カ)、トータモン(ア)、モノクロモン、スターモン、エビドラモン
2F ピチモン、プカモン、ルカモン、シードラモン(ア)、シードラモン(カ)、ゲソモン、ゴリモン
3F モクモン、プチメラモン、ハヌモン、メラモン、ウィザーモン、バケモン、イビルモン
4F ニョキモン、ピョコモン、バケモン、キウイモン(ア)、ウッドモン(カ)、レッドベジーモン(カ)、ゴキモン
5F チョロモン、カプリモン、リボルモン、タンクモン、クロックモン、ガードロモン、ミノタルモン

・ダンジョン7(1~5F)
出現デジモン
1F バブモン、モチモン、ゴツモン(カ)、オタマモン、トータモン(ア)、スターモン(カ)、クワガーモン
2F ピチモン、プカモン、ガニモン、シャコモン、ルカモン、ドクグモン
3F モクモン、プチメラモン、バクモン、キャンドモン、ムシャモン
4F ニョキモン、ピョコモン、キャンドモン(ア)、バケモン(ア)、キウイモン(ア)、ウッドモン(カ)、レッドベジーモン(カ)、ゴーレモン
5F チョロモン、カプリモン、リボルモン、タンクモン、クロックモン、ガードロモン、スナイモン

・ダンジョン8(1~6F)
出現デジモン
1F ピチモン、プカモン、ガニモン、シャコモン、ルカモン、イガモン
2F モクモン、プチメラモン、バクモン、キャンドモン、シマユニモン
3F ニョキモン、ピョコモン、キャンドモン(カ)、バケモン(ア)、キウイモン(ア)、ウッドモン(カ)、レッドベジーモン(カ)、フレアリザモン
4F チョロモン、カプリモン、ペンモン、ゴブリモン、ヤンマモン
5F チョロモン、カプリモン、ペンモン、ゴブリモン、イガモン、シマユニモン、フレアリザモン、ヤンマモン
6F イガモン、シマユニモン、フレアリザモン
BOSS:ピエモン

・ダンジョン9(1~12F)ラストダンジョン
出現デジモン
1F ゴツモン(カ)、オタマモン、トータモン(ア)、モノクロモン、スターモン、クワガーモン
2F ガニモン、シャコモン、スターモン、ルカモン、シードラモン(ア)、シーラモン(カ)、ゲソモン
3F バクモン、キャンドモン、ハヌモン、メラモン、ウィザーモン、バケモン
4F バクモン(カ)、キャンドモン(カ)、フローラモン、マッシュモン(ア)、ハヌモン(カ)、メラモン、ウィザーモン(ア)、バケモン(ア)、キウイモン(ア)、ウッドモン(カ)、レッドベジーモン(カ)
5F トイアグモン、コクワモン、ハグルモン、リボルモン、タンクモン、クロックモン、ガードロモン、メカノリモン
6F エビドラモン、ゴリモン、イビルモン、ミノタルモン、ドクグモン、ムシャモン、 ゴーレモン、スナイモン、イガモン、シマユニモン、フレアリザモン、ヤンマモン
7F デビモン、オーガモン
8F エテモン、ガジモン
9F ヴァンデモン、ピコデビモン
10F ピエモン、メラモン
11F キメラモン(ア)、ムゲンドラモン(カ)※仲間にできない
12F ミレニアモン※仲間にできない

〇隠しダンジョン
エンディング後に開放されるダンジョン
一部のダンジョンは条件が揃った時に開放される

・隠しダンジョンA(1~7F)
エンディング後開放。レオモンコロシアムの隣。トイアグモンがいる所。
アノードとカソードで出現モンスターが違う。
出現デジモン
1F アノード:ボタモン、プニモン、バブモン、ピチモン、コロモン、モチモン
カソード:ベタモン、エレキモン、クネモン、キャンドモン、ピコデビモン、フローラモン
2F アノード:プニモン、ポヨモン、ピチモン、ツノモン、モチモン、プカモン
カソード:クネモン、ガジモン、ギザモン、ピコデビモン、フローラモン
3F アノード:ポヨモン、モクモン、ツノモン、トコモン、プカモン、プチメラモン
カソード:ガジモン、ギザモン、ゴツモン、トイアグモン、コクワモン
4F アノード:ユラモン、モクモン、ニョキモン、トコモン、プチメラモン、ピョコモン
カソード:ゴツモン、オタマモン、トイアグモン、コクワモン、ハグルモン、ペンモン
5F アノード:ユラモン、ズルモン、ニョキモン、チョロモン、タネモン、ピョコモン
カソード:オタマモン、ガニモン、シャコモン、ハグルモン、ペンモン、ゴブリモン
6F アノード:ボタモン、ズルモン、チョロモン、タネモン、パグモン、カプリモン
カソード:ベタモン、ガニモン、シャコモン、バクモン、ピコデビモン、ゴブリモン
7F アノード:ボタモン、プニモン、バブモン、コロモン、パグモン、モチモン、カプリモン
カソード:ベタモン、クネモン、ガジモン、バクモン、ピコデビモン、フローラモン

・隠しダンジョンB(1~7F)
エンディング後開放。ファイル島ダンジョン1の右側のマップにある。
アノードとカソードで出現モンスターが違う。
出現デジモン
1F アノード:ユラモン、エアドラモン(ア)、ユニモン、ウィザーモン、バケモン、ヤンマモン
カソード:ピチモン、オタマモン、ギザモン、ゲソモン、オクタモン、エビドラモン
2F アノード:ユラモン、パグモン、ユニモン、デビドラモン、クワガーモン、バケモン、ヤンマモン
カソード:ピチモン、シェルモン、オタマモン、エビドラモン、ペンモン
3F アノード:パグモン、エアドラモン(ア)、フライモン、デビドラモン、バケモン、ヤンマモン
カソード:ピチモン、プカモン、シェルモン、ゲソモン、ペンモン
4F アノード:ユラモン、モクモン、エアドラモン(ア)、フライモン、クワガーモン、バケモン
カソード:ギザモン、プカモン、ガニモン、シャコモン、シェルモン、ゲソモン
5F アノード:ユラモン、モクモン、プチメラモン、フライモン、デビドラモン、クワガーモン、
     ウィザーモン
カソード:ギザモン、ガニモン、シャコモン、オタマモン、ルカモン、オクタモン
6F アノード:プチメラモン、キャンドモン、ピコデビモン、フライモン、クワガーモン、ウィザーモン
カソード:オタマモン、ルカモン、シーラモン、オクタモン、エビドラモン
7F アノード:ユラモン、パグモン、キャンドモン、ピコデビモン、ユニモン、ウィザーモン、バケモン、
     ヤンマモン
カソード:ギザモン、オタマモン、シーラモン、ゲソモン、オクタモン、エビドラモン

・隠しダンジョンC(1~7F)
エンディング後約20時間プレイすると開放。池の水が無くなりゲンナイの家の隣に塔が出現する。
ボスデジモンが仲間にできるようになる。
出現デジモン
1F エビドラモン、ゴリモン、イビルモン、ミノタルモン、ドクグモン、ムシャモン、
ゴーレモン、スナイモン、イガモン、シマユニモン、フレアリザモン、ヤンマモン
2F デビモン、オーガモン
3F エテモン、ガジモン
4F ヴァンデモン、ピコデビモン
5F ピエモン、メラモン
6F アノード:キメラモン
カソード:ムゲンドラモン
7F ミレニアモン

・隠しダンジョンD(1~7F)
エンディング後デジモンアナライザーの図鑑をコンプリートすると開放。
ショップエリアのある街の中心に入口が出現する。
パートナーデジモンが仲間にできるようになる。
出現デジモン
1F ゴマモン、ピヨモン、テイルモン
2F ガブモン、パルモン、ゴマモン
3F パタモン、テントモン、ピヨモン
4F ガブモン、パルモン、ピヨモン
5F アグモン、パタモン、テントモン
6F パタモン、パルモン、テントモン
7F アグモン、ガブモン、ゴマモン